Desde 1987, las Salinas de Janubio están incluidas en la Red Canaria de Espacios Naturales Protegidos, primero con la clasificación de Paraje Natural, y, actualmente, con la categoría de Sitio de Interés Científico.
Vista parcial de las Salinas de Janubio, a la izquierda La Laguna donde
se obtiene el agua marina, un verdadero vergel para las aves.
El valor de las Salinas de Janubio trasciende ampliamente su propia gestión empresarial y comercial, ya que por la calidad del paisaje, la geología en que están insertas, su interés etnográfico y la fauna costera constituyen un entorno único en Lanzarote, incluso desde el punto de vista de su atractivo turístico como oferta complementaria de calidad.
Lo que más atractiva las hace desde el punto de vista de la conservación de la naturaleza es su importancia para la avifauna, ya que es una de las más importantes zonas de nidificación de la isla, además de su importancia para las aves migratorias, tanto por las salinas como por la existencia de una laguna de aguas someras. Según la Sociedad Española de Ornitología, las Salinas de Janubio son consideradas uno de los sitios más importantes de limícolas migratorias de Canarias, por variedad de especies y cifras de individuos.
En las Salinas de Janubio se dan cita chorlitejos, correlimos, vuelvepiedras, andarríos, así como otras rarezas como flamencos que han sido divisadas en este lugar. Hasta 70 especies de aves migratorias pueden arribar a las salinas, utilizando tanto la laguna como los cocederos para descanso y alimentación, aprovechando los múltiples micro organismos que allí proliferan. Entre las nidificantes destacan especialmente la cigüeñuela común y el chorlitejo patinegro, además de otras especies de aves terrestres como la terrera marismeña, el bisbita caminero o el camachuelo trompetero.
La flora vascular tiene una representación de 93 especies, de las que nueve son endemismos, con poblaciones pequeñas dentro del espacio.
La costa de Yaiza es un ejemplo de la confluencia de todos los elementos necesarios para una producción salinera óptima: un régimen de vientos aceptable, una pluviometría escasa y un número de horas de insolación adecuado.